Klasztor warszawski jest najstarszym klasztorem kapucynów w Polsce, a ufundowany został przez Jana III Sobieskiego. Fundacja była wotum wdzięczności za zwycięstwo nad Turkami pod Chocimiem. Bracia kapucyni przybyli do Warszawy w 1681 r. i zamieszkali na Zamku Królewskim, gdzie byli kapelanami kaplicy królewskiej.
Plany kościoła i klasztoru w stylu baroku toskańskiego o formach typowych dla budownictwa kapucynów wykonał architekt August Locci. Poprzednich projektów zakonnicy nie zaaprobowali ponieważ wydawały się im zanadto wystawne, a więc sprzeczne z zasadami ich życia franciszkańskiego. Budowa kościoła i klasztoru trwały 11 lat (1683-1694). W 1736 r. z fundacji króla Augusta III Sasa dobudowano do kościoła kaplicę według projektu Joachima Daniela Jaucha, w której umieszczono urnę z wnętrznościami Króla Augusta II Mocnego. Z inicjatywy ojca Beniamina Szymańskiego kaplicę przebudowano i w 1830 r. złożono w sarkofagu z czarnego marmuru serce Jana III Sobieskiego.
W XIX w., w okresie międzypowstaniowym, klasztor warszawski był dynamicznym ośrodkiem duszpasterskim. Działali tutaj wybitni kaznodzieje, spowiednicy i animatorzy grup religijnych jak ojcowie: Prokop Leszczyński, Leander Lendzian, Bronisław Lewandowski, a przede wszystkim bł. Honorat Koźmiński.
Aktywny apostolat kapucynów warszawskich został przerwany kasatą klasztoru w 1864 r. Zakonników wywieziono do klasztoru w Zakroczymiu. W kościele kapucyńskim 1886 r. została utworzona parafia p.w. Przemienienia Pańskiego. W klasztorze początkowo umieszczono szkołę, a w 1889 r. rozebrano go w związku z wytyczeniem ul. Kapucyńskiej. Ocalał tylko korytarz przykościelny z dawną furtą, który w 1899 r. został przebudowany na kaplicę Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Dla duszpasterzy została wybudowana kamienica.
Ponowne objęcie dawnego klasztoru warszawskiego nastąpiło w 1918 r. Dawną plebanię przystosowano do potrzeb domu zakonnego. Za przełożeństwa ojca Honorata Adamczyka przeprowadzono w 1926 r. gruntowną restaurację kościoła, w czasie której usunięto przeróbki niezgodne z kapucyńską tradycją budowlaną. Klasztor znowu stał się znaczącym ośrodkiem duszpasterskim. Istniała przy nim liczna i prężna kongregacja Trzeciego Zakonu Franciszkańskiego. Od 1920 r. mieściła się tu także redakcja miesięcznika “Rodzina Seraficka”. Niezwykle szeroki i owocny zakres miała działalność charytatywna bł. Aniceta Koplińskiego, zwanego jałmużnikiem Warszawy.
II wojna światowa i obozy koncentracyjne
Podczas II wojny światowej zakonnicy włączyli się w działalność niepodległościową. W klasztorze był punkt rozdzielania i przekazywania funduszy napływających z Londynu na potrzeby Armii Krajowej. Nocą 26 czerwca 1941 r. hitlerowcy aresztowali zakonników, osadzając ich w więzieniu na Pawiaku, a następnie wywożąc do obozu koncentracyjnego Auschwitz i później do Dachau. W klasztorze pozostali tylko ojcowie Benwenuty Kwiatkowski i Alfons Ciechański, którzy później byli kapelanami Powstania Warszawskiego.
W czasie Powstania Warszawskiego podziemia kościoła stały się schronem dla 300 osób. Kościół i klasztor, częściowo zniszczone i wypalone, zostały odbudowane w latach 1945-1946.
Bracia klasztoru warszawskiego podejmują rozliczne prace apostolskie. Głoszone są misje i rekolekcje w parafiach, jak też rekolekcje i dni skupienia dla wspólnot zakonnych. W kościele na Miodowej trwa całotygodniowy dyżur spowiedzi, ale też kapucyni spowiadają rozliczne wspólnoty zakonne w Warszawie i okolicach. Przy kościele bracia sprawują opiekę duszpasterską nad wieloma gromadzącymi się tutaj wspólnotami i grupami, jak: Franciszkański Zakon Świeckich, Młodzież Franciszkańska, Grupa Modlitewna Ojca Pio, Towarzystwo Charytatywne im. Ojca Pio, Wolontariusze Kuchni Ubogich, Wolontariusze Fundacji Kapucyńskiej, Rycerze Jana Pawła II, Chór Młodzieżowy i Grupa AA.
Msze święte:
Niedziela: 7:00, 8:00, 9:30, 11:00, 12:15, 18:30
Dni Powszednie: 7:00, 8:00, 9:00, 18:30
