Dzierżenin już na początku XIII w. wchodził w skład posiadłości biskupstwa płockiego. Zachowała się wzmianka o rezydującym tu kapelanie (1250 r.). Decyzja biskupa płockiego Ścibora z Radzymina dotycząca dziesięcin należnych parafii z 1389 r. świadczy, że w XIV w. istniał tu kościół pw. św. Tomasza. W XV w. działało przy nim bractwo, którego uprawnienia zatwierdził biskup płocki Paweł Giżycki w 1462 r.
Drewniany kościół, według informacji z 1609 r. dość zniszczony, konsekrowany w 1464 r., przetrwał do początku XVIII w. W 1715 r. biskup płocki Ludwik Bartłomiej Załuski zbudował nową, niewielkich rozmiarów świątynię, którą powiększono i restaurowano w 1872 r. W 1927 r. kościół ten sprzedano parafii Porządzie.
Nowy, murowany kościół według projektu architekta Józefa Piusa Dziekońskiego rozpoczął budować w 1910 r. ks. Michał Piotr Sawicki. Prace te dokończył w 1917 r. ks. Jan Dobecki. Konsekracji dokonał biskup płocki Antoni Julian Nowowiejski 25 października 1925 r. Do wojny w kościele znajdowały się organy zbudowane przez Leopolda Blomberga.
Jesienią 1944 r., podczas walk na przyczółku Narwi, obiekt poniósł znaczne straty: zniszczono dach, uszkodzono wieże, z kościoła pozostały tylko mury. Zburzono wiele budynków w całej parafii. Po wojnie założono nowy dach, a w 1959 r. pokryto kościół blachą. 21 sierpnia 1964 r. poświęcił go biskup płocki Bogdan Marian Sikorski. W 1970 r. została wybudowana nowa plebania.
Na początku XXI w. wyposażono świątynię w nowe witraże, ławki i organy elektroniczne oraz odmalowano wnętrze. W 2020 r. został pomalowany dach świątyni.
MSZE ŚWIĘTE
NIEDZIELE i ŚWIĘTA: 9:00, 11:30 i 15.00
DNI POWSZEDNIE: 17:30 i 18:00
