W średniowieczu kościoły stawiano na miejscach dawnych pogańskich kultów. Tak stało się i w przypadku Nowego Miasta, o czym świadczą odnajdywane na terenie, gdzie stoi plebania, pozostałości po cmentarzu pogańskim. Parafia erygowana została w 1388r. przez bp. Ścibora. Do parafii należały wówczas wsie: Biskupice, Czarnoty, Latonice, Miszewo i Łuszczewo. Na początku stała tu świątynia drewniana. Wznoszenie obecnie stojącego kościoła rozpoczęto za czasów księżnej Anny mazowieckiej w XV w.
Budowę kościoła zakończono za czasów synowej księżnej Anny – księżnej Barbary w 1471r. Drewniany kościół rozebrano i postawiono w innym miejscu. Od tego momentu w Nowym Mieście znajdowały się 2 parafie. Parafie te otrzymały patronki swych fundatorek – obecna św. Anny (poprzednia miała za patronów Matkę Boską i Wszystkich Świętych), nowa szpitalna z kaplicą (lub małym kościołem) św. Barbary. W podziemiach nowomiejskiego kościoła spoczęła na wieki księżna Barbara. Po wielu latach, bo dopiero w roku 2014, doczekała się płyty nagrobnej. Przy szpitalu znajdowały się też kaplice św. Leonarda i św. Ducha. Szpital jak i kościół św. Barbary spłonął podczas potopu szwedzkiego. W latach 1693-1818 funkcjonował dekanat nowomiejski, do którego należały następujące parafie: Cieksyn, Ciemniewko, Gromadzyn (dziś nie istniejąca), Klukowo, Kraszewo, Królewo, Łopacin, Nasielsk, Nowe Miasto, Sochocin i Sońsk. Podczas wojen napoleońskich w Nowym Mieście stacjonowało wojsko francuskie. Swoją siedzibę miało w kościele. Józef Sieniecki wspominał, że żołnierze zdewastowali kościół, przez co świątynia przez dłuższy czas była nieczynna.
W XIX zaczął funkcjonować cmentarz grzebalny w odległości ok. 350 m od kościoła. Wcześniej zmarłych chowano na cmentarzu w obrębie kościoła lub w podziemnych kryptach. Pochówków tam było bardzo dużo, o czym świadczą zapisy w księgach metrykalnych „sepulta in ecclesia”, niektóre metryki dokładnie precyzowały miejsce np. „pod krzyżem”, „pod chórem” czy też w kaplicy Miszewskiej (kaplicy południowej), którą można by nazwać miejscem pochówku szczególnie zasłużonych (nie tylko dziedziców z Miszewa).
Msze Święte:
W niedziele: 8:30, 10:00, 11:30 i 18:00. (okres zimowy 17.00)
W niedziele wakacyjne: 9:00, 11:30, 18:00.
W dni powszednie: 17:00, 18:00 (okres zimowy 16:00, 17:00)
