Budowa przasnyskiego klasztoru została ukończona w 1616 roku za pozwoleniem króla Polski Zygmunta III Wazy i władz kościelnych. Przeznaczony był on dla sióstr bernardynek.
Fundatorką była Elżbieta z Krobina Mostowska, skarbnikowa ziemi ciechanowskiej, dziedziczka dóbr Mchowo pod Przasnyszem. W swej historii klasztor kilkakrotnie ulegał pożarom i był odnawiany.
W 1786 r. ukończono budowę obecnego klasztoru i kościoła murowanego w stylu barokowym z pomocą finansową bernardynów i Kazimierza Krasińskiego, urzędnika koronnego. Do 1863 r. klasztor zajmowały siostry bernardynki, kiedy to nastąpiła kasata zakonów w Królestwie polskim po powstaniu styczniowym.
W Polsce Zakon Klarysek Kapucynek wywodzi się z klauzurowej gałęzi Zgromadzenia Sióstr Felicjanek i wiąże z osobami bł. Honorata Koźmińskiego i bł. Marii Angeli Truszkowskiej.
Po ujawnieniu się w tym Zgromadzeniu dążenia do życia kontemplacyjnego, w 1860 roku w domu głównym w Warszawie dokonano, drogą głosowania, podziału wspólnoty na dwie różne grupy: klauzurową z 12 siostrami i czynną. Siostry klauzurowe miały żyć w wydzielonej, odizolowanej części domu warszawskiego, by wspierać modlitwą i pokutą dzieła felicjanek. Uroczystego zamknięcia klauzury dokonano już 4 października 1860 r. Jeszcze w tym samym roku siostry otrzymały ustawy opracowane przez O. Honorata na podstawie konstytucji rzymskich kapucynek.
Kasata felicjanek (17 grudnia 1864 r.) sprawiła, że 16 sióstr klauzurowych zostało przeniesionych do klasztoru bernardynek w Łowiczu, bez prawa przyjmowania kandydatek. Zgodnie z decyzją O. Honorata dołączyła do nich Matka Angela Truszkowska, ale ostatecznie w maju 1866 r. wyjechała do Krakowa gdzie tworzył się nowy dom Felicjanek czynnych.
Starania o nowy klasztor dla sióstr klauzurowych podjęła u władz carskich felicjanka s. M. Bronisława Łempicka. 13 czerwca 1871 r. siostry otrzymały zezwolenie carskiego rządu na zamieszkanie w przasnyskim klasztorze.
26 lipca 1871 r. 16 sióstr kapucynek przeniesiono z Łowicza do Przasnysza. Zostały przywitane przez przedstawiciela Kurii Płockiej ks. Antoniego Brudzyńskiego. Utrzymywały nadal kontakt z Ojcem Honoratem, pełniącym rolę Ojca duchowego i przewodnika w ich życiu zakonnym.
23 marca 1873 roku kapucynki otrzymały od Stolicy Apostolskiej Dekret Pochwalny. Siostry próbowały zgłaszające się kandydatki przyjmować „nielegalnie” (miały na to pozwolenie od Papieża Piusa IX), co jednak wykrywała policja carska czyniąc w klasztorze rewizje. Kapucynki w Przasnyszu w liczbie 7 sióstr doczekały się dekretu tolerancyjnego w 1905 roku i otworzyły nowicjat, do którego w 1906 roku wstąpiły 4 kandydatki. Wkrótce jednak rząd zabronił przyjmować nowe osoby i dopiero w 1916 roku erygowano w klasztorze nowicjat ponownie.
Po rozpoczęciu I wojny światowej siostry zmuszone były opuścić klasztor, ponieważ został zamieniony przez zaborcę na koszary – w styczniu 1915 r. 8 sióstr udało się do Pułtuska, gdzie mieszkały w tamtejszej plebanii, a w lipcu 1915 pozwolono siostrom na powrót do Przasnysza.
3 kwietnia 1924 roku, dzięki wstawiennictwu arcybiskupa Antoniego Juliana Nowowiejskiego (biskupa płockiego) przasnyskie kapucynki otrzymały od Stolicy Apostolskiej dekret pozwalający na składanie ślubów wieczystych według Reguły św. Klary i zachowywanie klauzury papieskiej.
Dekret z 19 lutego 1927 roku włączył wspólnotę polskich kapucynek w Przasnyszu do Zakonu Kapucynek św. Klary. Otrzymały pełne zatwierdzenie przez Stolicę Apostolską jako „Mniszki Klaryski Kapucynki II Zakonu św. Franciszka Reguły św. Klary”. W ten sposób zostały już formalnie włączone do Zakonu Klarysek Kapucynek.
W czasie II wojny światowej 36 przasnyskich sióstr osadzono w obozie koncentracyjnym w Działdowie. Przebywały tam od 2 IV do 6 VIII 1941 r. Klasztor w tym czasie zamieniony został przez Niemców na więzienie, a kościół na magazyn.
25 VII 1941 r., zmarła w obozie s. M. Teresa od Dzieciątka Jezus, która ofiarowała swe życie za wolność sióstr. Została wyniesiona do chwały ołtarzy przez św. Jana Pawła II 13 VI 1999 r. w Warszawie.
Dwa tygodnie po jej śmierci siostry zostały niespodziewane uwolnione i pozostawione na poboczu drogi w lasach augustowskich. Do końca wojny przebywały w Suchowoli, gdzie przyjął je ksiądz Witold Ostrowski.
Po zakończeniu wojny kapucynki wróciły do Przasnysza i w kolejnych latach następował systematyczny rozwój wspólnoty. Klasztor przasnyski dał początek 5 fundacjom: 1961 r. w Ostrowie Wielkopolskim, 1975 r. w Szczytnie, 1976 r. w Brwinowie, 1989 r. w Krakowie, 1998 r. w Wykrocie.
Msze Święte:
Niedziela: 11:30
Dni Powszednie: 7:00
