Dzieje kościoła sięgają XIX wieku. Początkowo była tutaj drewniana kaplica, należąca do Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia – wspólnoty zakonnej założonej w listopadzie 1862 r. przez hrabinę Ewę Teresę Potocką. Teren pod budowę klasztoru siostry otrzymały od arcybiskupa warszawskiego św. Zygmunta Szczęsnego Felińskiego, który zaprosił je do Warszawy.
Dnia 8 grudnia 1873 r. poświęcono tu kaplicę murowaną, wykonaną według projektu architekta Władysława Kosmowskiego. Była to prostokątna kaplica z absydą, usytuowana tak, aby nie wyróżniała się spośród okolicznych domów – (po upadku Powstania Styczniowego represje władz carskich spowodowały utajnienie działalności sióstr.)
W latach 1936-38 do kaplicy dobudowano od strony zachodniej nawę boczną oraz dzwonnicę.
W dniu 1 sierpnia 1925 r. do tutejszego Zgromadzenia Sióstr przyjęta została Helena Kowalska, która w kwietniu 1926 r. otrzymała imię zakonne Faustyna. Oddana miłości Boga i ludzi, siostra Faustyna przekazała całemu światu przesłanie zawarte w jej objawieniach Jezusa Miłosiernego oraz ich wizualizację na obrazie „Jezu ufam Tobie”.
W czasie II wojny światowej i walk Powstania Warszawskiego, w sierpniu 1944 r. kaplica i zabudowania klasztorne zostały przez Niemców spalone.
Po wojnie siostry ze Zgromadzenia starały się o odbudowę kaplicy i domu klasztornego, ale ówczesne władze Polski, zależne od Związku Sowieckiego, odmawiały wydania zgody.
Dopiero w dniu 28 marca 1974 r., działający z upoważnienia Kurii Warszawskiej ks. Wojciech Czarnowski uzyskał, po czterech latach starań pozwolenie władz na odbudowę. W okresie oczekiwania na tę zgodę, nie bacząc na zakaz władz, społeczność przyszłej parafii oraz entuzjaści spoza niej zaczęli uprzątać ruiny kaplicy i sąsiadujący teren. W dniu 26 maja 1973r. ks. Wojciech Czarnowski odprawił, przy ołtarzu stojącym w ocalałym przedsionku kaplicy, pierwszą po wojnie Mszę św. z udziałem wiernych zgromadzonych na dziedzińcu. Dnia 14 kwietnia 1974 r. odprawiona została, już wewnątrz kaplicy, pierwsza Msza św. rezurekcyjna. Podłogę kaplicy zastępował piasek, a zamiast dachu rozpostarta była gruba folia. W dniu 21 kwietnia 1974 r. przybył tutaj Ks. Kardynał Stefan Wyszyński, poświęcił dzwon i spotkał się ze społecznością wiernych, dzięki którym doprowadzono kaplicę do takiego stanu, że w maju 1974 r. Ks. Kardynał nadał tej budowli rangę kościoła pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego. Dnia 15 grudnia 1980 r. władze kościelne powołały do życia Parafię p.w. Miłosierdzia Bożego. Parafia utworzona została z części sąsiednich parafii św. Augustyna na Muranowie i Narodzenia NMP na Lesznie (dekret erekcyjny wszedł w życie z dniem 1 stycznia 1981r.). Pierwszym proboszczem nowej parafii mianowany został ks. Wojciech Czarnowski. Parafia ta należy do mniejszych w Warszawie, z kościołem usytuowanym w środku jej terenu. Postanowiono, że budynek kościoła zachowa stan noszący ślady tragicznej, wojennej przeszłości, a równocześnie będzie kościołem żywym, wspólnotą wiernych aktywnie uczestniczących w życiu parafii.
Powstanie w Polsce Niezależnego Samorządnego Związku Zawodowego „Solidarność” w sierpniu 1980 r., a następnie bolesny okres stanu wojennego (13 grudnia 1981 r. do 22 lipca 1983 r.) sprawiły, że do czasu upadku komunistycznych rządów w Polsce (w dniu 4 czerwca 1989 r.) Parafia Miłosierdzia Bożego była miejscem nie tylko kultu religijnego, ale także działalności kulturalnej i patriotycznej. Odbywały się tu m.in. tajne posiedzenia Komitetu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie, udzielano pomocy internowanym i członkom ich rodzin, odbywały się spotkania ekumeniczne wyznawców różnych religii chrześcijańskich, organizowano okolicznościowe wystawy obrazów, występy teatralne, w tym wystawiana była (od 5 kwietnia 1985 r.) głośna sztuka Ernesta Brylla pt. ”Wieczernik” w reżyserii Andrzeja Wajdy, z udziałem znakomitych aktorów scen warszawskich. Po 1989 r. ks. Wojciech Czarnowski, przy czynnym zaangażowaniu parafian, zainicjował i prowadził szeroko zakrojone akcje na rzecz pomocy bliźniemu. Codziennie zanoszono obiady ludziom schorowanym i samotnym, mieszkającym na terenie całej dzielnicy Wola zorganizowano Ośrodek „TYLKO z Darów Miłosierdzia”, który otoczył opieką bezdomnych, w tym także samotne matki z dziećmi. Starano się, żeby czuli się domownikami. Była tu noclegownia z wyżywieniem i łaźnia. Obecnie ośrodek prowadzony jest przez Caritas Warszawa.
W 2017 roku kard. Kazimierz Nycz, metropolita warszawski podniósł ten kościół do rangi diecezjalnego sanktuarium św. Faustyny.
MSZE ŚWIĘTE
W niedziele: 8:00, 9:30, 11:00 (dla dzieci), 12:30, 16:00 (oprócz wakacji) i 18:00
W dni powszednie: 7:00, 15:00 (piątek) i 18:00
