Dokładna data powstania kościoła nie jest znana. Zapewne funkcjonował on już od połowy XIII wieku. Pierwsza wzmianka o Glinojecku z roku 1403 mówi o księdzu Rafale, który w latach 1403-1412 był rektorem miejscowego kościoła. W 1506 roku parafia należała do dekanatu płońskiego.
W 1598 r. istniał drewniany, niekonsekrowany kościół, wybudowany po spaleniu się poprzedniej świątyni. Kościół, wybudowany pod koniec XVI w., został zniszczony w czasie wojen szwedzkich. Około 1750 r. wzniesiono nową świątynię, którą konsekrował w 1758 r. sufragan włocławski bp F. Kanigowski. Kościół spłonął w 1915 r. Do 1918 roku msze święte były odprawiane w przystosowanym do tego celu magazynie cukrowni. Wkrótce potem w 1918 roku wybudowano nowy kościół, drewniany za czasów probostwa ks. Stanisława Augustyńskiego. W zamierzeniu kościół ten miał być budowlą tymczasową a przetrwał aż do 1995 roku.
W latach 1981-1988 wybudowano nową świątynię, murowaną. Kościół został zaprojektowany przez mgra inż. Jana Laube a projekt wykonał dr inż. Andrzej Żurawski. W tym czasie proboszczem glinojeckim był ks. kanonik Franciszek Gal. Konsekracji świątyni dokonał 8 maja 1988 r. ks. bp dr Jan Wosiński.
Msze święte:
Niedziela: 8.00 9.30 11.30 16.00
Dni powszednie: Lato 17.30 i 18.00 zima 16.30 i 17.00
