Historia Sanktuarium Matki Bożej Nauczycielki Młodzieży sięga małej kapliczki zbudowanej po drugiej wojnie światowej w 1946 roku „z gruzów zburzonej Warszawy” przynoszonych przez ludzi. Przy tej kapliczce gromadzili się na modlitwę mieszkańcy Siekierek i przybywający z terenu Warszawy liczni wierni. Za ich staraniem kapliczka została poświęcona 8 maja 1949 roku. Zwyczaj modlitwy w tym miejscu pochodził z okresu wcześniejszego. Przedmiotem kultu była mała kapliczka umieszczona na pniu wiśni. Na tle korony tego drzewa 3 maja 1943 roku dwunastoletnia Władzia, mieszkająca ze swoimi rodzicami w sąsiadującym z sadem domu, pierwszy raz zobaczyła objawiającą się jej Matkę Bożą.
Posłuszni przekazywanym przez Władzię poleceniom Matki Bożej wierni nie ustawali w gromadzeniu się na modlitwę. Siekierki należały do parafii księży zmartwychwstańców pw. św. Kazimierza przy ul. Chełmskiej i parafii św. Bonifacego franciszkanów-bernardynów z Czerniakowa. W czasie wizytacji pasterskich parafii św. Bonifacego księża biskupi odwiedzali także kapliczkę na Siekierkach. Od maja 1977 roku opiekę duszpasterską zaczęli sprawować kapłani z parafii św. Stefana. 3 maja tegoż roku została po raz pierwszy odprawiona w kapliczce Msza św. Odtąd Eucharystia była sprawowana zwłaszcza w święta maryjne. Regularnie w każdą niedzielę msze święte były odprawiane od stycznia 1980 roku. Obowiązek ten przyjął o. Edward Szajor, pijar, pełniący w parafii św. Stefana obowiązki wikariusza, oddelegowany przez księdza Prymasa Kardynała Stefana Wyszyńskiego do tworzenia ośrodka duszpasterskiego na Siekierkach. Oficjalnie Ks. Prymas powierza miejsce objawień zakonowi pijarów 16 listopada 1980 roku. Zatwierdza też wtedy samodzielny ośrodek duszpasterski. Zaczął się czas starań o teren, rozbudowy kaplicy oraz tworzenia wspólnoty zakonnej i parafialnej. Prace te w dalszym ciągu podejmuje z wielkim zaangażowaniem i zawierzeniem Matce Bożej o. Edward Szajor SP. Na niego też właściciele posesji składali oświadczenia o darowiźnie ziemi pod budowę kościoła i domu zakonnego. Decyzję o przejęciu terenu przez pijarów władze państwowe podpisały w dniu 3 maja 1983 roku, dokładnie w czterdziestą rocznicę rozpoczęcia objawień. 15 października 1984 roku następca Prymasa Tysiąclecia Kard. Józef Glemp poświęcił plac pod budowę kościoła.
Wmurowanie kamienia węgielnego
Dnia 22 października 1988 roku bp Zbigniew Kraszewski wmurował kamień węgielny i poświęcił dolny kościół. Projektantem kompleksu kościelnego jest inż. arch. Janusz Tofil. 15 marca 1988 r. ustanowiona została parafia pw. NMP Królowej Wyznawców. Potęguje to działanie utworzonych już wcześniej struktur duszpasterskich. Pierwszym proboszczem zostaje o. Kazimierz Wójciak SP (do VII 1989 r.).
O. Edward kontynuuje sprawy inwestycyjne związane z budową klasztoru i kościoła. W grudniu 1991 roku powstaje dom zakonny kanonicznie uformowany. Pierwszym rektorem wspólnoty pijarskiej jest o. Józef Joniec SP, który następnie zostaje mianowany proboszczem parafii (1989-1991). Następuje także okres szybkiego rozwoju dzieł o charyzmacie kalasantyńskim służących wzrostowi parafii i równocześnie przekraczających swym zasięgiem jej granice. Powstaje Fundacja „Krąg Przyjaciół Dziecka” im. św. Józefa Kalasancjusza, która organizuje pomoc dla szkół pijarskich i innych dzieł pedagogicznych. Z tym miejscem wiąże się mocno ruch parafiadowy. W 1992 roku powstało Stowarzyszenie Parafiada im. św. Józefa Kalasancjusza. Stowarzyszenie organizuje szkolenia, seminaria, spotkania, dni skupienia, formację dzieci i młodzieży z Polski i zagranicy podczas dwutygodniowych obozów i kolonii oraz cyklicznie co roku Finały Międzynarodowej Parafiady Dzieci i Młodzieży. Również w 1992 roku – w rocznicę 350-lecia działalności pijarów w Polsce – powstała w budynku zakonno-parafialnym Pijarska Szkoła Podstawowa, a w 1993 Parafialny Klub Sportowy „Falconia”.
17 września 1994 roku Ksiądz Prymas Kard. Józef Glemp poświęcił zbudowany kościół parafialny. Stopniowo też następowało pogłębianie duchowości maryjnej i kalasantyńskiej w duszpasterstwie i prowadzonych dziełach, i tworzenie środowiska osób świeckich gotowych zaangażować się w dzieła. W 1995 roku o. Józef Joniec zostaje ponownie mianowany proboszczem i posługę tę pełni do 2001 roku.
Początki Sanktuarium
Uwieńczeniem tego jest ustanowienie 31 sierpnia 1997 roku przez Księdza Prymasa Józefa Glempa Sanktuarium diecezjalnego pod wezwaniem Matki Bożej Nauczycielki Młodzieży i poświęcenie przylegającej do kościoła kaplicy sanktuaryjnej z obrazem Matki Bożej malowanym przez art. mal. Marię Wollenberg-Kluza według przekazu z okresu objawień. Doczekał tego momentu o. Edward Szajor, (zmarł 08.10.1998 r.), który zasłużył sobie na miano fundatora i budowniczego Sanktuarium. Dla jego zasług Prymas Polski wyraził zgodę na pochowanie go w obrębie sanktuarium. 29 sierpnia 1999 roku Ksiądz Prymas Józef Kard. Glemp dokonał poświęcenia, przebudowanej jako wotum za uleczenie z choroby alkoholowej, powiększonej wolno stojącej kaplicy na miejscu objawień Matki Bożej. W roku 2000 Sanktuarium cieszyło się przywilejem miejsca Odpustu Jubileuszowego.
W latach 2002-2006, z fundacji PP. Wąsowskich, zostało uzupełnione wyposażenie i wystrój wnętrza kościoła, czym kierował proboszcz Parafii i kustosz Sanktuarium o. Jan Taff SP (2001-2011). Projektantem architektury wnętrza jest Mariusz Krupiński, a aranżacji plastycznej Iwona Jesiotr-Krupińska, która jest także autorem monumentalnej rzeźby Matki Bożej w głównym ołtarzu i oryginalnych stacji drogi krzyżowej. W latach 2007 i 2008 zostały zbudowane 28-głosowe organy. Nadal uczestniczką i dyskretną animatorką spotkań modlitewnych jest Pani Władysława Papis, którą posłużył się Pan Bóg przy zapoczątkowaniu Sanktuarium. Dokumentację nadprzyrodzonych darów, otrzymanych za pośrednictwem Matki Bożej Nauczycielki, stanowi kilkanaście tomów Księgi łask, podziękowań i próśb. W planach Sanktuarium jest rozbudowa obiektów pomocniczych dla pielgrzymów. Wspólnota Pijarów projektuje stworzenie Collegium Nobilium Novum dla istniejącej Pijarskiej Szkoły Podstawowej i Gimnazjum. Koordynacją integralnego wychowania młodzieży poprzez wiarę, kulturę i sport zajmuje się Stowarzyszenie Parafiada im. Św. Józefa Kalasancjusza.
Msze Święte:
Niedziele i święta: 8:00, 9:30, 11:00, 13:00, 18:00
Dni powszednie: 7:30 (w kaplicy), 18:00
